《续文献通考》是王圻的代表著作。这部包含254卷的典制史巨著，共分为30门：田赋、钱币、户口、职役、征榷、市籴、土贡、国用、选举、学校、节义、职官、郊社、宗庙、王礼、谥法、乐、兵、刑、经籍、六书、帝系、封建、道统、氏族、象纬、物异、舆地、四裔、方外。书首载有王圻于万历十四年（1586）所书凡例16条，以及他所撰的《续文献通考引》；还载有温纯序文（万历三十一年）、周家栋序文（万历三十年）、许维新书后（万历三十一年）。王圻在本书引言中简略地说到了他撰写此书的目的：“文与献皆历朝典章所寄，可缺一也与哉？贵与氏（按指马端临）之作《通考》，穷搜典籍，以言乎文则备矣，而上下数千年忠臣、孝子、节义之流及理学名儒类皆不载，则详于文而献则略。后之说礼者能无杞、宋之悲哉！”[102]质言之，在马端临《文献通考》的基础上，充实“献”的部分，即“忠臣、孝子、节义之流及理学名儒”的言论，使“文”与“献”都得以广泛流传，“俾往昔贤哲举得因事以见姓名，而援古据今之士不至溟涬无稽”。在书的内容所包含的时限上以及门类的划分上，他是“辑辽、金、元暨国朝典故以续其后，而又增节义、书院、氏族、六书、谥法、道统、方外诸考，以补其遗”。至于这书的撰述经过，作者并未论及。据温纯序说，王圻同他同举进士，又同应召，乃“日相与聚谈今昔典故”，知王圻有致力文献之志，“肆力搜罗，且四十年，遂成此考”。从万历三十年上推，“且四十年”恰当嘉靖之末，王圻“搜罗”资料的工作当开始于此时。他在万历十四年手书凡例16条，或许是他正式撰述的开始。前一阶段大约二十一二年，后一阶段大约十七八年。