这些人之所以“顶前剪发，椎髻向后”地装扮成倭寇的样子，一方面是武士演变而来的真倭好勇斗狠，容易吓唬官军，另一方面则是“得以藏匿掩覆，而室家族戚，可保无虞”。
1553年，王直为官兵所败，率三千部下遁往日本九州岛外的平户，“倾赀勾结倭寇”，“三十六岛之夷，皆其指使，时时遣夷汉兵十余道，流劫滨海郡县”，并称“徽王”。1556年就任浙、直（徽州）总督的胡宗宪，以“攻谋为上，角力为下”的策略，派遣间谍，1559年诱杀了藏身日本的王直。1567年，继位不久的明穆宗准许“开海禁，准贩东西二洋”（当时以现在印度尼西亚、马来西亚的加里曼丹岛为界划分东西洋），但仍然禁止去日本贸易。在日本，丰臣秀吉1588年统一九州岛后，颁布“禁止海盗令”，取缔海盗行为，违反者处予死罪，没收其领主土地，“倭寇”遂逐渐消失。
建于2000年11月18日的王直墓是由日本国长崎县福江市才津为夫等12名日本友人捐资修建的，有人推测这些人可能与王直在日本的后人有关系。以近代以来的民族国家概念衡量王直的行为，将其评价为“民族败类”是很自然的，特别是在日本曾长期侵略中国并对中国带来巨大灾难之后。但如何客观认识中世纪发生在东亚地区的区域性贸易，恐怕是一个需要重新探讨的课题。改革开放以后，国内对倭寇的研究出现了较大的变化，甚至将其作为可以与欧洲人大航海相提并论的行动，可见时代背景对学术研究的影响。