明代国子监是中央最高学府，又是主管国学政令的机构，隶属于礼部。国子监一个特点是以师为官，从祭酒到一般教学、管理人员，都是朝廷命官，由吏部任免，而且职、责、权分明。祭酒是国子监正官，总理监内一应事务。司业为祭酒之副，协助祭酒处理监内事务。监丞掌绳愆厅，是执行监规的主要负责人。博士、助教、学正、学录等官为教学人员，典簿掌文案、金钱出纳事宜，典籍负责图书资料、文书档案，掌馔负责教官、监生的膳食。
明代地方学校的管理权也直接由朝廷掌握。正统元年（1436年）布政司下设儒学提举司，设提学官一名，提督全省学政。明代提学官一般由按察司副使或佥事担任，南北直隶由御史担任，人选由朝廷直接任命。提学官代表皇帝巡视所辖区域的地方官学，考核教官和生员，督促其学业，决定其进退。府州县学的教官也由国家直接委派，教授、学正、教谕、训导这些教官不属地方政府管辖，地方官对其工作有关心和检查的责任，但却不能干预，更没有荐黜教官的权力。