《内经》将《易经》中应用于自然哲学领域的阴阳概念，推广到了医学范畴，提出了三阴三阳理论。而这，对于中医学上的把脉诊断有相当的指导意义。
这里，不禁又让人产生了这样的疑问：为何《内经》和《易经》两本经典，都不约而同地将世界的根本指向了阴阳？到底是谁，给予了他们如此相似的思想？
除了阴阳，《黄帝内经》受到《易经》巨大的影响，还表现在“变易”这个思想上。
《易经》，正如他的名字一样，中心的思想讲的就是“变”“易”。所以，在《易经》看来，自然界一切事物都是生生不息，变化不止的。
当然，《内经》也同意这样的观点，并且还进一步认为：所谓的整个自然界处于永无止尽的运动之中，在医学上就表现为“气化”（气化，也就是指气体的活动变化）。并在此基础上，创立出了一套气化学说。
例如：《素问 阴阳应象大论》用气化谈自然界：“积阳为天，积阴为地……故清阳为天，浊阴为地；地气上为云，天气下为雨；雨出地气，云出天气。”再进一步，从医学谈论气化“故清阳出上窍，浊阴处下窍；清阳发腠理，浊阴走五脏；清阳实四肢，浊阴归六腹。”“肝生于左，肺藏于右，心布于表，肾治于里，脾为之使，胃为之市。”
从这些，又可以看出相当重要的一点。《易经》是用爻、卦来将世界简化并作模拟，《内经》本质上，也是对世界，对人体机能组织的一种简化模型。虽然，模拟的系统较现实来讲，都比较粗糙，但是《内经》确实能较准确地反映人体的生理病理，对人体科学来讲有很重要的实用价值。