就在飞机强行降落的同时，忠于穆沙拉夫的军队冲进了卡拉奇机场。7时47分，飞机终于在燃料即将耗尽之时着陆。一大群士兵簇拥着穆沙拉夫离开了机场，前往当地的海军基地。接着首都忠于穆沙拉夫的军队便采取了行动，很快占领了国家电视台和广播电台，包围了总统府和总理府，关闭了全国所有的国际机场。这令谢里夫惊慌不已，最使他始料未及的是，支持穆沙拉夫的军队在如此短的时间里，能迅速集结，以致他还没有来得及离开电视台就成了瓮中之鳖，谢里夫自己与新任陆军参谋长以及部分内阁部长全被逮捕软禁。接着，穆沙拉夫军队控制的电视台发布消息，宣告谢里夫政府已被解散。穆沙拉夫的政变称得上是一次“闪电行动”。
13日凌晨，穆沙拉夫向全国发表电视讲话，声称：为了国家利益，军队不得不解散政府；采取军事行动是为了稳定局势。他要求全国保持镇静，并说军队已控制了局面。
15日凌晨，穆沙拉夫颁布临时宪法1号令，在巴基斯坦全境实行紧急状态，中止宪法，解散联邦和省议会，穆沙拉夫担任巴基斯坦首席执行官。
17日，巴基斯坦首席执行官穆沙拉夫向全国发表广播电视讲话，宣布成立以他为首的国家安全委员会，全面负责巴基斯坦的内外事务，并称将尽早恢复民主。巴总统继续留任，并根据国安会的建议行使职权。另外, 宣布成立在国家安全委员会监督下的部长内阁。穆沙拉夫还阐述了管理国家的七点计划纲要：重树国民信心和士气；加强和巩固国家联邦制度，消除各省之间的矛盾，恢复民族团结；振兴经济，恢复投资者的信心；确保法律法规的贯彻执行；国家机构非政治化；权力下放给百姓；迅速全面清查腐败。