李舜臣将军的夫人尚州方氏，是宝城郡太守方震的女儿。在李舜臣19岁那年秋天，他到宝城去玩，听说郡守的女儿在她12岁的时候，曾经帮助父亲机智勇敢地赶跑进院抢劫的强盗的故事。李舜臣在宝城见到她，并向她倾吐了爱慕之情，后经双方父母的同意就结婚了。婚后，方氏生了三男一女。长子叫荟，次子叫悦，都随父亲参加卫国战争，并且立了功。战后，荟官至佥正，悦官至刑曹正郎。三子葂，有胆略，善于骑马射箭，李舜臣将军最喜欢他。1597年，在故乡牙山遇到倭寇，他连杀三人，终因寡不敌众而被害。
李舜臣的哥哥羲臣和尧臣都先亡。李舜臣抚其遗孤如自己的子女，凡婚嫁娶妻必先兄之子女，而后才是自己的子女。羲臣的四子莞年19岁就随叔父李舜臣参加了卫国战争。
1572年，28岁的李舜臣首次应武科考试。考试科目是马术。当李舜臣正催马驰骋的时候，马突然跌倒，将他从马上摔了下来。考官及在场的人们都以为他非死即伤。但李舜臣却立即用一条腿站起来，跳到一棵柳树旁边，折了一根柳枝，剥了一些柳树皮，用柳条和树皮绑好骨折的腿。当时在场的人都十分钦佩他这种勇敢精神。
1576年，李舜臣通过马、弓、枪、剑、武经等考核，考中了式年科。这时，他已经32岁了。同年冬，他被任命为咸镜道童仇非堡权管。当时的吏曹判书李栗谷和李舜臣同姓，是一家子。李栗谷通过柳成龙想见见李舜臣，并准备提升他的官职。但李舜臣却认为，正因为自己和李栗谷有亲戚关系，所以不能接受他的好意，以免别人说闲话；而且自己也不愿意这样升官。因此，婉言谢绝了李栗谷想和他见面的要求。在此以前，兵曹判书金贵荣曾想将妾生的女儿嫁与李舜臣为妾，但李舜臣不愿高攀权门显贵，也拒绝了。