洪武三十一年(1398),朱元璋已经七十一岁了。五月间病倒，躺了三十天，离开他的皇朝，安静地死去了。葬在南京城外钟山山下，名曰孝陵，谧曰高皇帝，庙号太祖。
遗嘱里有一段话： “朕膺天命三十一年，忧危积心，日勤不怠，务有益于民。奈起自寒微，无古人之博知，好善恶恶，不及远矣。” “忧危积心，日勤不怠”这八个字写出了他辛勤的一生，也写出他在统治阶级内部激烈斗争中的心境。
朱元璋的相貌不很体面，曾经找了许多画工，画像十分逼真，越是逼真，他就越不满意。后来有一个聪明的画家，画的面貌轮廓有点像，却是一脸和气，看着很仁慈，这才传写了很多本子，分赐予诸王。这两种不同的画像，到现在都有传本。
和历史上所有的封建帝王比较，朱元璋是一个卓越的人物。他的功绩在于统一全国，结束了元末二十年战乱的局面，使人民能够过和平安定的生活；在于能够接受历史教训，对农民做了一些让步，大力鼓励农业生产，兴修水利，推广棉花和桑枣果木的种植，在北方地多人少地区，允许农民尽力开垦，即为己业，大大地明朝时期乌纱帽增加了自耕农的数量；在于解放奴隶，改变了元朝贵族官僚大量拥有奴隶的落后局面，增加了农业生产的劳动力；在于大力清丈田亩，制成图册，相应地减少了一些赋税负担不均的情况；在于保护商业，取消了书籍和田器的征税，繁荣了市场；在于规定了对外政策，吸取元朝对外战争失败的教训，总结为一面必须抗击外国侵犯，一面也不许可轻易犯人；在于严惩贪官污吏，改变了元朝后期的恶劣政治风气，在于改变元朝匠户制度，住坐、轮班的匠户有大部分时间可以自由生产，部分地解放了匠户的劳动力，推进了民间手工业的生产，在于不信符瑞，不求长生，讲究节俭，不搞一些像秦始皇、汉武帝、宋真宗搞过的糊涂事，在于限制僧道的数量，减少了不劳而食的寄生虫，也相应地增加农业、工业的劳动力，这些措施都是有利于农业生产的发展的，有利于社会的前进的，是为明朝前期的繁荣安定局面打了基础的，是应该肯定的。